Fonctionner avec une équipe permanente réduite est le choix de la Fondation Saint Matthieu. Ainsi ses ressources sont dirigées en majeure partie vers les projets des écoles.
Elle est animée par un délégué général, une directrice du développement, une directrice de marketing, une responsable des relations donateurs, une chargée des relations donateurs, une responsable relations écoles, une chargée de marketing direct.
Un certain nombre de fonctions juridiques, comptables et de communication sont externalisées afin de solliciter les prestataires le plus justement en fonction des besoins.
Cette organisation n’est possible qu’avec l’appui d’un conseil d’administration actif et de bénévoles disponibles. Comme dans les écoles aidées par la Fondation, bénévoles et salariés travaillent ensemble au service d’un projet commun : permettre le développement et assurer la pérennité de l’Enseignement Catholique.