Indépendante mais au service de l’école catholique, la Fondation Saint Matthieu est étroitement associée à ses instances :
Voir l’intervention de Pascal Balmand
Le Secrétaire général, les directeurs diocésains, les organismes de gestion et les parents d’élèves de l’Enseignement Catholique sont représentés au sein de son Conseil d’Administration.
L’évêque référent pour l’Enseignement Catholique siège au Comité d’Honneur de la Fondation, garant des orientations stratégiques.
Par ailleurs, la Fondation Saint Matthieu siège au Comité national de l’Enseignement catholique (organe délibérant de l’Enseignement catholique au niveau national) au titre de « membre coopérateur » (article 342 des statuts de l’Enseignement catholique).