La Fondation Saint Matthieu est soumise à la tutelle du Ministère de l’Intérieur, représenté par un Commissaire du Gouvernement, et au contrôle de la Cour des Comptes. Ses comptes sont certifiés par le commissaire aux comptes PricewaterhouseCoopers.
Ses donateurs sont régulièrement informés de ses actions et invités à venir rencontrer ses responsables au siège de la Fondation.